С приходом войны школы города оказались в очень сложном положении. В Ирбит эвакуировались люди и предприятия, военные госпитали… Помещения школ № 1 и № 11 были переданы под эвакогоспитали. Количество учеников в городе увеличилось, на учителей легла большая нагрузка. В некоторых классах приходилось учить по 40-50 детей с различным уровнем подготовки. Учёба шла в две смены.

            В этот период школа № 3 находилась по адресу: ул. Первомайская, 45. В документах архива есть описание помещения школы, которое не удовлетворяло требованиям: недостаточная площадь, несоответствие нормам расположение комнат, темные и узкие коридоры, отсутствие учебных кабинетов, комнаты для библиотеки и пионерской работы.

Печное отопление. Печи топили дровами, а заготовка дров легла на плечи старшеклассников и педагогов. В 1943 году школьники и педагоги школы заготовили в Буграх 15 кубометров дров. Кроме этого, дрова заготавливали на сплаве реки Ница. Вытаскивали из воды бревна, пилили и кололи их. Эту мужскую работу выполняли дети, которым было 8-12 лет.

            Из-за перебоев со снабжением электроэнергии, в зимний период учились при керосиновых лампах. Однако и керосина порой не доставало, что срывало учебные занятия. Остро ощущалась нехватка учебников, учебных пособий, мела, чернил. Учебники ремонтировали сами дети.

            Были и другие трудности… Не хватало одежды, обуви. Так, в отчете директора школы за первое полугодие 1943-1944 учебного года отмечено, что 27 человек не посещали школу из-за отсутствия обуви и одежды.

            1941 год оказался самым трудным для советской деревни. С осени были введены обязательные сельхозработы. Помощь колхозам в уборке урожая на долгое время оставалась наиглавнейшей. К сельхозработам привлекались все школьники и учителя школ города. Летних каникул у детей попросту не было. Работали до полной уборки урожая с полей с июля по октябрь месяц. В конце каждого года подводили итоги: в сводке за 1942 год указано, что отряду школы № 3 под руководством учителя начальных классов комсомолки Ялуниной правлением колхоза объявлена благодарность за оказанную помощь в уборке урожая. Всего в этот период учениками и педагогами школы выработано 7000 трудодней.

При уборке хлебных злаков вручную серпами и косами на полях оставалось много колосьев. Чтобы снизить потери зерна, улучшить снабжение населения хлебом, школьники выходили в поля и собирали оставшиеся колосья. К примеру, в 1 полугодии 1943-1944 учебного года, 12 человек из школы № 3 заработали 184 трудодня в колхозе Булановского сельского совета.

Посильную работу учащиеся и педагоги оказывали и на предприятиях города. В первом полугодии 1943-1944 учебного года ученики школы № 3 отработали 80 часов на заводе № 25, копали землю на строительстве электростанции.

            В 1942 году ученики школы, несмотря на полуголодное существование, нехватку одежды и обуви, собрали для фронта 4000 рублей на танковую колонну «Свердловский комсомолец»,  закупили 40 пар лыж для бойцов Красной Армии, отправили 117 килограммов лекарственного сырья, 20 посылок бойцам Красной Армии, в которые вкладывали тёплые вещи (носки, варежки), кисеты, табак, бумагу и карандаши… Обеспечили одеждой и обувью 75 детей фронтовиков.

            Помогая колхозам в уборке урожая, ученики вместе с педагогами трудились и на пришкольном участке. На площади около 2 га сеяли горох, садили картофель и другие овощи. Всё, что удавалось вырастить и собрать, предназначалось для школьной столовой. Урожай с пришкольного участка позволял сократить расходы государства на организацию горячих завтраков в школе.

            Война наложила свой отпечаток, но дети продолжали учиться, занятия никто не отменял. Наступательные операции частей Красной Армии на фронтах воодушевляли учителей и учащихся на борьбу за успешное окончание учебы. После уроков ребята занимались в кружках литературного чтения, драматическом, кружке пулемётчиков. Проводились военные игры, вечера художественной самодеятельности, где пели пионерские песни, рассказывали стихи. Один-два раза в месяц готовились пионерские сборы.  Пионеры были застрельщиками во всём: впереди по успеваемости, оказании помощи отстающим, организаторами общественной работы; они помогали в госпиталях, где чинили белье, носили воду и пилили дрова, собирали посуду, устраивали концерты для раненых, брали под опеку семьи фронтовиков.

            В годы Великой отечественной войны школьники находили время и для занятий спортом. Из 500 учащихся школы № 3 нормы по лыжам сдали 250 человек, нормы ГТО – 37, нормы противовоздушной и химической обороны – 44 человека.

            В 1944 году страна перешла на обучение детей с 7 лет. Количество первоклассников в городе увеличилось. В школах города не хватало мест для размещения классов. В это время школа № 3 вновь становится начальной,  в ней обучается 408 человек.